肥料も農薬も使わないなら利益が増大するので、無肥料農家が増えて当然と思うでしょうが、ところが幾つかの課題があります。​

化学肥料を止めただけで、すぐに無肥料栽培が可能かというと、そうではありません。微生物を含めた土壌中の組成が肥料環境に移行していくには、まったく収入のあがらない3年から5年という時間が必要です。慣行農業にも有機農業にも栽培マニュアルが定着していますが、無肥料栽培にはそのマニュアルが極めて少ないのです。個々の栽培地の環境に順応した独自性が高く求められることになり、経営としての成立が難しいのです。​

作物を収穫しても販路が乏しいのです。慣行農業の流通網の中では、少量生産の野菜類は対象から外されてしまうことから、個人としての販路の開拓が課題となります。